شهد فرع الاحياء المجهرية في كلية الطب البيطري / جامعة بغداد مناقشة اطروحة الدكتوراه الموسومة (تحليل النشوء والتطور للفيروس الغدي المرتبط بالتهاب الكبد ذو الاجسام الاشتمالية في الدجاج) للطالبة اية رياض عبدالله.
هدفت هذه الدراسة للكشف الجزيئي والتقليدي عن الفيروس الغدي في الدجاج اللاحم وتقييم ضراوة العزلات الحقلية عن طريق التحليل الجزيئي لتسلسل النيوكليوتيدات للفيروس الغدي في الدجاج. تضمنت هذه الدراسة جمع 75 عينة من الاكباد مشتبه بها مصابة بفيروس FAdv من مواقع مختلفة في العراق تتضمن ديالى وتكريت وكربلاء. تراوح عمر الدجاج المشتبه في إصابته بالعدوى (25-45) يوما. تم حصاد أعضاء الكبد في الموقع ونقلها بشكل معقم لتخزينها في درجة حرارة -80 لمعالجة واكتشاف الجسيمات الفيروسية. وتم استخلاص الحمض النووي من العينات المجمعة (الكبد) بواسطة كت استخلاص الحمض النووي، وتم تضخيم الحمض النووي المستخلص باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل التقليدي عن طريق تضخيم كل من جينات الحلقة 1 (L1) والحلقة 2 (L2). كشف تفاعل البلمرة المتسلسل التقليدي أن 48 عينة كانت موجبة من اصل 75 عينة . حيث تم استخدام تفاعل البلمرة المتسلسل التقليدي للكشف عن FAdV في العينات التي تم جمعها عن طريق تضخيم الجينات الأخرى Hexon A, Hexon B and Fiber .وكان تفاعل البلمرة المتسلسل (PCR) إيجابيًا للكشف عن FAdV في الاكباد التي تم جمعها بواسطة جينات أخرى. تم إرسال تسع عينات (أمبليكون) إلى كوريا (شركة ماكروجين) لاجراء تسلسلها بطريقة سانجر. تم تحليل النتائج باستخدام .uniprot أظهرت نتائج هذه الدراسة وجود أنماط وراثية متعددة من الفيروسات الغدية للطيور في العينات التي تم جمعها, وكانت هذه هي FAdV – 4، وFAdV -8b، وE مع تغطية تسلسلية من 1 – 1122 وقيمة e تتراوح من 0 – 1.3E-169. وأظهرت شريحة Loop1 بين العزلات المدروسة تقاربًا وراثيًا بين العزلات 37 و 44 لتكون شديدة الشبه بالعزلة FAdV E و 8b عندما تم إنشاء مصفوفة الهوية اعتمادًا على تسلسل الحمض النووي لكل منها ، بينما أظهر المقطع Loop2 تشابهًا وراثيًا بين العزلة 44 و 33 أن تكون شديدة الارتباط بـ FAdV E و 8b ، بينما تم تجميع العزلات الأخرى الممثلة بـ 15 و 5 و 14و 37 و 3 في نسبة تشابه تراوحت بين 96.7٪ – 98.67٪. أظهرت نتائج BLAST أنها متطابقة وراثيًا مع جين F الموجود في FAdV – E و 8b مع القيمة المتوقعة 5.5 E-118 إلى 0 ، مع مصفوفة تشابه تتراوح من 75.62٪ إلى 87.26٪ ، ولكن مقارنة هذا الجين بين العزلات المدروسة فإنه يشكل تشابهًا شمل القسم المعزول 44 و 33 و 37 ليكون وثيق الصلة بالنوع E و 8b مما يشير إلى أن هذا الجين شديد التأثر بالعملية التطورية أثناء تطور الفيروس. وأظهر تجميع جينات الضراوة داخل الجينوم أن الجين fiber غطى 1684 نيوكليوتيد مع 102 من الأحماض الأمينية مع اتجاه عقارب الساعة يحمل أهدافًا متعددة لتقييد الإنزيمات ، ويتم تحديده في الغالب مع إطارات قراءة مفتوحة موجبة. (ORFs) غطى جين 1554 Hex A زوجا من القواعد النيتروجينية مع 144 من الأحماض الأمينية مع اتجاه عقارب الساعة أثناء النسخ. غطى جين 1377 Hexon B زوجا من القواعد النيتروجينية مع 177 من الأحماض الأمينية وتم نسخها في اتجاه عقارب الساعة. غطت مقطعا L1 و L2 855 زوجا من القواعد النيتروجينية مع 244 من الأحماض الأمينية التي تحمل اتجاهات مختلفة من ORFs لتكون إما موجبة أو سالبة في الاتجاه الذي يؤكد أن شرائح المنطقة شديدة التغير من الجينوم. أشار تحليل RSCU في جينات الفوعة أن في جينات Hexon A و Hexon B ، يكون استخدام الكودونات البديلة في حده الأدنى ، ويعتمد الجسيم الفيروسي في الغالب على الكودون المفضل المتاح بشكل طبيعي ضمن تسلسل الجينات ، بينما في الجينات الأخرى ممثلة من خلال الجين Loop1 و Loop2 و Fiber ، يختلف الوضع ، حيث قد يلجأ الجسيم الفيروسي إلى استخدام كودون بديل أثناء التعبير الجيني أو أثناء الدورة المعدية ، مع الأخذ في الاعتبار الكودون الطبيعي ، الذي يوفر فرصة ناجحة للتكاثر، والتطور في سياق تنموي خاصة عندما يكون G + C2 متضمنا والذي وجد أنه 0.463 في هذا الجين ضمن 56.484 عددًا فعالًا من الكودونات.
أستنتجت هذه الدراسة وجود عزلات من الفيروس الغدي للطيور ذات عدوى مختلطة في نفس الطائر ، مع عزلات في الغالب FAdV-4 و FAdV-E و 8b. النوع 8b هو مشتق من E. تظهر الحلقات Loop1 و Loop2 تباينًا في تسلسل النوكليوتيدات بسبب المناطق شديدة التغير. ولوحظ استقرار جينات الألياف في الغالب. كان تفاعل الريل تايم PCR حساسًا وسريعًا للكشف عن الفيروسات الغدية للطيور وكان تفاعل البوليميراز المتسلسل التقليدي طريقة مناسبة لتشخيص الفيروس. وكانت أجنة الدجاج طريقة مناسبة لعزل الفيروس الغدي للطيور
